Protocolo Oficial CÓDEX — Fase 3A (v0.1 Definitiva) o desenho está completo. Você criou uma barreira de entrada alta (PERMANOVA conservadora) e um filtro de saída rigoroso (estabilidade em réplicas e BH), garantindo que, se o CÓDEX encontrar um padrão, ele será robusto o suficiente para enfrentar qualquer revisão 27 de junho de 2026 10:13

# Protocolo Oficial CÓDEX — Fase 3A (v0.1 Definitiva)
Este documento estabelece o protocolo estatístico formal para a validação da Hipótese H2, definindo os critérios de decisão, as salvaguardas contra falsos positivos e os requisitos de reprodutibilidade.
## 0. Fundação e Pré-registro
Antes da execução, ficam congelados: a lista de classes topológicas comparadas, os parâmetros de rede (N e \langle k \rangle) e este pipeline estatístico.
## 1. Separação de Calibração e Teste
Para evitar vazamento estatístico:
 * **Subconjunto A (Calibração):** Ensemble Erdős–Rényi utilizado exclusivamente para estimar \mu_i e \sigma_i (modelo nulo).
 * **Subconjunto B (Teste):** Ensemble Erdős–Rényi independente utilizado para comparações na PERMANOVA caso o estudo exija validar ER contra outras classes.
## 2. Hierarquia de Decisão (Pipeline Operacional)
### Nível A — Decisão Global
 * **Teste:** PERMANOVA sobre o vetor padronizado \mathcal{O}(G).
 * **Métrica:** Distância Euclidiana.
 * **Critérios:** 9.999 permutações e \alpha = 0{,}01.
### Nível B — Diagnóstico Estrutural
 * **Teste:** PERMDISP (análise de homogeneidade de dispersões).
 * **Objetivo:** Verificar se a rejeição em A provém de diferenças de centroide ou dispersão. O resultado deve ser documentado explicitamente.
### Nível C — Decomposição Univariada
 * **Condição:** Somente se p < 0{,}01 no Nível A.
 * **Família de Testes:** Composta por todos os testes univariados realizados sobre os quatro componentes de \mathcal{O}(G) para todas as comparações de classes registradas.
 * **Correção:** Benjamini–Hochberg (BH) com q = 0{,}05.
## 3. Critérios de Corroboração e Falsificação
A hipótese H2 será provisoriamente corroborada **somente** se:
 1. **Significância:** O teste global for significativo (p < 0{,}01) e a decomposição univariada resistir à correção BH.
 2. **Robustez:** Os tamanhos de efeito forem reportados e indicarem relevância prática.
 3. **Reprodutibilidade:** O resultado significativo for observado em pelo menos **duas execuções independentes** da bateria computacional com sementes distintas.
## 4. Regra de Reprodutibilidade
Toda comparação declarada como significativa deve reaparecer em no mínimo duas execuções independentes da bancada. A ausência de estabilidade em réplicas invalida a interpretação de significância estatística, independentemente do valor-p nominal.

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